什么是TA克隆技術

 TA克隆技術（TA cloning）利用Taq聚合酶具有末端轉(zhuǎn)移酶（TdT）活性，但卻不具有3'-5'端外切酶校準活性的特點，可在PCR產(chǎn)物的3'端加上一個非模板依賴堿基“A”。pMD18-T是一種克隆PCR產(chǎn)物的載體，它是由pUC18載體在Xba I和Sal I識別位點間插入一個EcoR V位點，然后用EcoR V進行酶切使質(zhì)粒線性化，并在它的3'端添加“T”構(gòu)建而成。因其3'端帶有一個突出的“T”尾，能地與帶“A”尾的PCR產(chǎn)物連接，極大地提高了克隆的效率。TA克隆是目前克隆PCR產(chǎn)物zui簡便、快捷的方法。
　　TA 克隆的idea zui初來自1994 年。幾位學者發(fā)現(xiàn)Taq DNA聚合酶會在PCR產(chǎn)物的3’末端加上一個脫氧腺苷（A），而且這種特性與模板無關。之后，Invitrogen 公司發(fā)明了TA 克隆技術，并擁有TA cloning 商標的權(quán)，直至2013 年。線性化的T 載體在3’末端擁有一個脫氧胸苷（T），與PCR 產(chǎn)物的A 尾巴互補。原理就是這么簡單。不過由于價格的原因，Invitrogen 的T 載體在國內(nèi)卻不是銷量的。Promega 的pGEM-T（easy）和Takara 的pMD18-T 因性價比高，更加深入人心。
　　TA 克隆的步驟無需贅述，相信大家都很清楚。無非就是PCR、連接、轉(zhuǎn)化、鑒定這幾個步驟，不過還有一些不得不說的問題，值得大家注意。
　　1、用什么樣的聚合酶？
　　不是所有的聚合酶都會在PCR產(chǎn)物末端加A。具有3’到5’外切酶活性的高保真酶就不會產(chǎn)生A 尾巴。如果你下一步想要做基因表達，一定要用高保真酶，那也沒問題。只要用Taq 酶在產(chǎn)物末端加個A 就OK。步驟也很簡單，根本無需買個什么加 A 試劑盒，幾步就搞定了。
　　1. 用高保真酶擴增完之后，在反應管中加入 0.7-1 unit 的Taq 聚合酶。無需更換buffer，其中的dATP 已經(jīng)夠用。
　　2. 在72℃孵育8-10 分鐘。
　　3. 立即進行純化，沉淀、跑膠、或用純化試劑盒。這一點相當重要，否則高保真聚合酶會將A 尾巴或T 載體上的T 尾巴切掉。
　　有些率的聚合酶其實是Taq 酶和高保真酶的混合物，大約有一半的產(chǎn)物加了A 尾巴。所以你在克隆之前搞清楚你用的酶到底是否加 A，否則克隆出來白斑太少，又要討論好久。
　　2、PCR 產(chǎn)物的純度
　　如果你的PCR 產(chǎn)物只有*條帶，恭喜你。不過為保險起見，還是用PCR 產(chǎn)物純化試劑盒來純化一次。否則白色菌落中的插入片段可能是引物二聚體哦。如果你發(fā)現(xiàn)有非特異條帶，那優(yōu)化一下PCR 反應，讓非特異條帶消失。跑膠純化是下策，因為膠純化可能會帶走3’的A 尾巴。而且注意不要在紫外燈下暴露太久。只需5 秒，紫外對DNA 的傷害就足以檢測；而長達60 秒的照射會讓某段序列在測序時無法讀取。問題遠比你想象中嚴重。
　　易生物提示：PCR 產(chǎn)物其實也有保質(zhì)期。為了保證連接效率，PCR 產(chǎn)物不要超過一天。因為上面的A 尾巴會隨著時間逐漸降解，導致連接效率下降。千萬不要為了省事，就整個一大管 PCR 產(chǎn)物，每次用一點。zui終反而更浪費時間。
　　3、載體和片段的比例
　　這往往是影響克隆效果的zui大因素。通常來說，載體與片段的起始摩爾比為1：1。計算方法如下：
　　X ng PCR 產(chǎn)物 = （ng 載體 × kb 片段大?。?/ kb 載體大小
　　如果這樣的比例不能令你滿意，你可以在3： 1 到1：3 的范圍內(nèi)進行優(yōu)化，選擇*的比例。 PCR 產(chǎn)物的濃度可以通過與Marker 比對估算出來。還有一種更準確的方法，用GE 的NanoVue 超微量分光光度計。只需要0.5 ul，就能測量出樣品濃度，你再也不用舍不得珍貴的樣品了。0.5 ul 而已，小意思。